En mai 1993, le Parlement des Jeunes de Meyrin crée une commission « Bus nocturnes » qui a pour objectif d’étudier les différents moyens de « ramener » les jeunes à Meyrin après minuit. Les travaux de cette commission déclenchent tout de suite un élan d’enthousiasme chez les jeunes meyrinois, très intéressés par cette idée. Des sondages sont réalisés afin de mieux pouvoir cerner les besoins de la population.

En septembre 1993, une demande est faite par le Parlement des Jeunes de Meyrin auprès des Transports Publics Genevois (TPG). En mai 1994, le début de la collaboration avec le Parlement des Jeunes de la Ville de Genève et celui de Vernier permet de donner un nouveau souffle au projet.

En mars 1994, une motion (M-1171) est déposée au Conseil Municipal de la Ville de Genève, demandant la création d’un réseau de bus nocturnes. Cette motion est renvoyée en commission sociale et de la jeunesse.

En avril 1994, le centre de loisirs de Collonge-Bellerive, « Le Point ? », crée une ligne de Noctambus ralliant Genève à Hermance.

Le 02 septembre 1995, le Noctambus « Genève – Meyrin » entame son premier tour de roue, concrétisant ainsi deux années de travail des jeunes parlementaires.

Dès février 1996, la Commission Noctambus se constitue en association, dans le sens juridique du terme, afin de travailler plus efficacement pour le développement du réseau dans tout le canton de Genève.

Le 10 janvier 1997, est inauguré le premier réseau de transports publics nocturnes sur le canton de Genève avec 10 lignes et 38 communes desservies.

Le 29 août 1997, le réseau nocturne est élargi à toutes les communes rurales à l’ouest de Genève, ainsi qu’en direction de Collex-Bossy et Commugny. Ce qui porte à 50 les municipalités bénéficiant du Noctambus.

Le 1er octobre 1999, la ligne N1 est renforcée par une course supplémentaire le samedi soir. De plus, la N10 est prolongée jusqu’à Gland, intégrant ainsi six communes vaudoises supplémentaires.

Le 16 octobre 2000, la ligne N9 est prolongée jusqu’à Ferney-Voltaire. Le Noctambus circulera donc sur France ! La N10 est renforcée par une course supplémentaire le vendredi soir.

Le 24 juin 2001, le réseau Noctambus est encore renforcé par la création d’une ligne N11 qui se rend à Bogis-Bossey, la N8 est prolongée jusqu’à Saint-Genis et certaines lignes voient leur nombre de courses augmenter. De plus, en partenariat avec Pathé Balexert, une ligne relient le centre commercial au centre-ville est mise en service.

Le 06 janvier 2002, l’Etat de Genève participe financièrement au réseau Noctambus. Cette participation a permis au Noctambus d’ajouter une nouvelle course le vendredi soir pour les lignes N1, N3, N4, N5, N9 et N11.

Dès le 31 mars 2003, la participation financière de l’Etat de Genève s’intensifie et permet d’accepter les abonnements unireso. Désormais, environ 90% des usagers Noctambus pourront voyager sans frais, sous présentation de l’abonnement. Par ailleurs, l’offre Noctambus est intégrée à celle des TPG (Transports publics genevois), ce qui marque une phase de pérennisation du réseau nocturne.

Après 2003

Dès le 17 décembre 2004, le réseau Noctambus a entièrement été réactualisé. La fréquence des bus en zone urbaine a été intensifiée et atteint 20 à 30 minutes jusqu’à deux heures du matin tous les vendredis et samedis soirs. Ces lignes suivent le tracé diurne et s’arrêtent à tous les arrêts des 10 lignes concernées. D’autre part, les lignes régionales ont été réadaptées de manière à assurer un service optimal jusqu’à 3h45 au tarif unireso. Enfin, la présence de modérateurs Noctambus à bord des véhicules est augmentée afin de poursuivre le travail de prévention et d’améliorer la qualité des conditions de transport.
Le 16 novembre 2005, l’ensemble des actions de prévention et le projet de promotion du respect sur le réseau Noctambus a reçu la distinction du jury au concours de l’innovation des Transports Publics de l’Association suisse des Transports et de l’Environnement.

Le 28 février 2006, les Noctambus ont eu un air de fête avec une soirée anniversaire organisé avec un jeu concours qui a récompensé les gagnants au cinéma Pathé Balexert.

Le 17 décembre 2008, les communes d’Ambilly, Annemasse, Gaillard, Vetraz-Monthoux et Ville-la-Grand rejoignent Noctambus. Le résau Noctambus dessert dorénavant 69 communes : 45 Genevoises, 13 Vaudoises et 11 Françaises.

Le 15 décembre 2010, La commune de Divonne les Bains est intégrée au réseau Noctambus qui dessert dorénavant 70 communes.

Le 09 décembre 2012, Le réseau s’élargit. Prolongation de la ligne NA qui dessert dorénavant les communes de Sergy et Thoiry. L’association Noctambus dessert 72 communes